flatcomments
Позволяет принудить комментарии всегда быть ответами на сам документ, невзирая на то, была ли использована ссылка ответить к какому-либо другому комментарию или нет.
Комментарии не просто показываются плоским списком, они также и сохраняются в базе данных. Это позволяет при удалении любого комментария предотвратить удаление комментариев-ответов на него.
http://drupal.org/project/flatcomments
http://cmspress.info/drupal/project/flatcomments